Uzumaki narra la historia de una estudiante, Kirie, en su pueblo natal, Kurôzu-cho. Ese pueblo tiene un detalle extraño, hay espirales por todas partes: En la vegetación, en los comunes remolinos de agua, en torbellinos de aire que aparecen por las calles... pero a parte de eso es bastante normal. Un día el novio de Kirie, Shuichi, le cuenta que su padre se está comportando de forma anormal, coleccionando cualquier cosa con forma espiral, olvidándose de su trabajo y su familia. Esa obsesión tendrá consecuencias trágicas y será el primero de una serie de sucesos terribles relacionados con espirales en Kurozu-cho. Kirie no podrá escapar de la espiral de desgracias en la que se convertirá su vida.