Fénix es una obra que trata acerca de la reencarnación y de la búsqueda humana de la inmortalidad. Los volúmenes no tienen ninguna conexión argumental entre sí. El único elemento común entre las historias narradas es El Fénix, un pájaro místico cuya sangre puede otorgar la inmortalidad a todo aquel que logre beberla.

El Fénix (bajo la imagen de un Fenghuang) es representado como el espíritu eterno de la vida, la muerte y la resurrección. El Fénix controla y supervisa el ciclo de la reencarnación, el surgimiento y la desaparición de las civilizaciones y las especies. A través de la historia, desde el inicio de la civilización hasta su extinción, muchos humanos han intentado cazar al Fénix una y otra vez en varias reencarnaciones con el objetivo de beber su sangre y así vivir por siempre. Sus acciones en una vida determinaran los pecados y sufrimientos que padecerán en las otras.

Tezuka utiliza a varios personajes de otras historietas suyas y los hace aparecer reencarnados en varios volúmenes (Atom, Rock, Black Jack, Shunsaku Ban, Prof. Ochanomizu, etc.). Un ejemplo de esto último es el de un personaje llamado Saruta, el cual aparece repetidas veces en forma de varios antecesores y sucesores del mismo. Todos atraviesan duras pruebas en sus respectivas vidas y eras.

Tezuka empezó a trabajar en una versión preliminar de Fénix en 1954, y la serie continuó en varias formas hasta su muerte en 1989.